CLI / Agent

CLI / Agent 适合处理项目文件、终端命令、代码修改和多步骤任务。它们比网页版更强，也更需要权限边界。

常见工具

工具	链接	定位
Claude Code	https://code.claude.com/docs/en/overview	Anthropic 的代码 Agent，适合项目级编码、重构、调试
Codex CLI	https://github.com/openai/codex	OpenAI 的本地代码 Agent，适合终端、项目代码和自动化任务
Codex 快速开始	https://developers.openai.com/codex/quickstart	OpenAI Codex 教程入口；中文镜像可见 https://developers.openai.ac.cn/codex/quickstart
Gemini CLI	https://github.com/google-gemini/gemini-cli	Google Gemini 的命令行 Agent
Hermes	https://github.com/NousResearch/Hermes-Function-Calling	适合任务编排、长期项目和技能化流程；具体安装以项目实际文档为准
OpenClaw	https://github.com/xingyaoww/open-cua	电脑操作型 Agent 方向工具，使用前必须确认权限和运行环境

适合做什么

• 给生信流程补脚本、参数、日志和 README。
• 调试 R / Python / shell 报错。
• 在项目中批量修改文件并运行检查。
• 把一次性分析整理成可复用流程。

使用底线

CLI / Agent 能改文件、跑命令、访问环境变量。让它操作真实数据前，先确认目录、备份、权限和命令风险。涉及删除、覆盖、批量同步、远程服务器和高权限桌面操作时，必须先人工确认。

下一步：理解这些工具背后的模型和 API，读 API、Key 与中转平台。